PNP mengimplementasikan berbagai sistem manajemen best practice, yang antara lain: Manajemen Asset Pas 55, Manajemen SDM berbasis Kompetensi, Manajemen Risiko, Manajemen Mutu ISO 9000, Manajemen Lingkungan ISO 14000 dan K3 OHSAS 18000, Manajemen GCG, Manajemen Teknologi Informasi, Knowledge Management, Manajemen Baldrige, Manajemen House Keeping 5S, Manajemen Pengamanan, dan Sistem Manajemen Terpadu (PNP Integrated Management System).